Il Comune di Lisciano Niconne è di origine medievale, appartenne a Perugia per lungo tempo, sin dal 1202, per opera dei marchesi del Monte che lo possedevano. Dopo un breve periodo in cui appartenne alla famiglia Casali di Cortona, nel 1479 tornò sotto il governo pontificio e vi restò sino al 1861, quando fu unito al Regno d'Italia.



Sul suo territorio comunale sono ancora visibili e visitabili i ruderi di un castello dell'XI secolo e una chiesa edificata nello stesso periodo e dedicata a San Tommaso Apostolo. Appartenuto anche ai Marchesi di Sorbello, del vecchio castello rimangono oggi solo pochi ruderi, a testimonianza della sua imponente mole. Qui aveva sede il comune, prima di essere trasferito a valle. In località Val di Rose, vicino alla frazione di Crocicchie, si trova la Chiesa di S.Niccolò che custodisce una pala di scuola raffaelliana dipinta, intorno al 1515, da Eusebio di San Giorgio.